2259年初，约翰·谢里丹上尉接替辛克莱成为车站的军事总监。他和指挥人员了解到，圣地亚哥总统之死实际上是副总统克拉克策划的暗杀（他在圣地亚哥去世后担任总统）。巴比伦5号指挥部和Psi军团之间发生了冲突，Psi军团是一个越来越专制的组织，负责监督和控制人类心灵感应者的生活。指挥官伊万诺娃，空间站的二把手，秘密地是一个潜在的心灵感应者，他非法避免在Psi军团注册。阴影人是一个古老而强大的种族，最近刚刚从冬眠中苏醒过来，被发现是各种神秘和令人不安的事件的原因，包括2258年底对纳恩前哨基地的袭击。半人马座大使隆多·莫拉里在与纳恩人的持续冲突中，通过与神秘的莫尔登先生的联系，在不知不觉中获得了他们的援助。这位年老体弱的半人马座皇帝，长期以来一直主张与纳恩人和解，在访问巴比伦5号时突然去世。包括隆多·莫拉里和雷法在内的许多阴谋家通过暗杀他们的对手并将已故皇帝不稳定的侄子送上王位来控制半人马座政府。他们的第一个行动是对纳恩发动公开侵略。在一场全面战争爆发后，半人马座最终在一场涉及大规模杀伤性武器的残酷袭击中征服了纳恩。接近年底，克拉克政府开始表现出越来越极权的特征，镇压异见人士，限制言论自由。沃隆人被揭示为包括地球在内的各个世界天使传说的基础，是阴影的古老敌人。他们在与阴影的斗争中得到了谢里丹和巴比伦5号指挥部的帮助。