Psi军团和克拉克总统开始利用这些船只的先进技术。克拉克总统的政府已经发现了埋藏在地球太阳系中的影子船只。克拉克政府继续变得越来越排外和极权，并以军事事件为借口宣布戒严令。这引发了火星上的独立战争，火星与地球的政治关系长期紧张。巴比伦5号也宣布独立于地球，以及其他几个偏远的地球联盟殖民地。作为回应，地球联盟试图武力夺回巴比伦5号，但在与空间站结盟对抗日益增长的阴影威胁的明巴里人的帮助下，进攻被击退。由于担心阴影在其人民中日益增长的影响力，半人马座大使隆多·莫拉里试图切断与他们的联系。“阴影”的人类代表莫尔登先生通过策划谋杀莫拉里的情妇，同时将责任归咎于竞争对手半人马座之家，诱使他恢复合作关系。阴影与巴比伦5号和明巴里号领导的联盟之间爆发了公开战争。据了解，沃隆人的基因操纵是人类心灵感应的来源，因为后来发现阴影飞船容易受到心灵感应攻击。约翰·谢里丹上尉对沃隆人没有对阴影采取直接行动感到不满，他恐吓沃隆大使科什·纳拉内克对他们共同的敌人发动攻击。科什的所作所为导致他随后被阴影暗杀。前空间站指挥官杰弗里·辛克莱返回巴比伦5号，在谢里丹、德莱恩、伊万诺娃和马库斯上尉的帮助下偷走了巴比伦4号空间站，并将其送回1000年前，在之前的明巴里阴影战争中用作对抗阴影的基地。在第一季结束时，辛克莱经历了与德莱恩相同的转变，变成了明巴里，随后被揭露为明巴里传说中的真正瓦伦，而不是转世。在他假定死去的妻子（现在为阴影队工作）再次出现的刺激下，谢里丹前往阴影队的家乡兹哈杜姆，试图被他们招募。然而，他却在神风敢死队的核袭击中摧毁了他们最大的城市，最后一次被看到是跳进一个数英里深的坑里躲避爆炸。加里波第在与影船的战斗中失踪。