2261年，沃隆人加入了阴影战争，但当沃隆人开始摧毁他们认为受到阴影“影响”的整个行星时，他们的战术成为联盟关注的问题。被这一事件的转折所困扰，巴比伦5号招募了其他几个强大而古老的种族（第一个种族）加入他们的事业，对抗阴影和漩涡。约翰·谢里丹上尉在逃离兹哈杜姆后返回空间站，但代价是：除非生病或受伤，他只剩下20年的生命了。与他同行的是一位名叫洛里安的神秘外星人，他自称是银河系中最古老的有知觉生物。在谢里丹返回的几个小时前，加里波第获救并返回车站，情况相当可疑。他明显比以前更偏执，更怀疑其他外星种族和谢里登人。半人马座的皇帝Cartagia与阴影建立了关系。隆多·莫拉里策划了对卡塔吉亚的暗杀，并否认了他与阴影党的协议。隆多杀死了莫登先生，并摧毁了以半人马座家园为基地的影子飞船，试图拯救他的星球免受沃隆人的破坏。在其他古代种族和几个年轻种族的帮助下，谢里丹引诱沃隆人和阴影人进行一场巨大的战斗，在这场战斗中，沃隆人与阴影人透露，他们一直是年轻种族的守护者，但由于哲学上的差异，最终将他们用作无休止战争的棋子。年轻的种族拒绝他们的持续干扰，而漩涡和阴影，以及剩下的第一人，同意永远离开银河系。在阴影被击败后，加里波第辞去了安全负责人的职务，独自作为“信息提供者”工作。他开始为火星大亨威廉·埃德加工作，后者嫁给了加里波第的旧爱。当他与埃德加人的关系越来越密切时，他对谢里丹变得越来越咄咄逼人，最终离开了巴比伦5号。明巴尔被战士和宗教种姓之间的短暂内战所困扰。德莱恩秘密会见了战士种姓的尼龙，并说服他双方都不能获胜。她告诉他，她将接受一个仪式，在那里她愿意牺牲自己，但会在她真正死前停止仪式。当尼禄看到她真的打算完成整个仪式时，他救了她并牺牲了自己，宣称尽管他生来就是战士，但在他的心中他是虔诚的。作为地球和巴比伦5号之间持续冲突的一部分，加里波第最终背叛了谢里丹，并安排抓捕他，以获得埃德加的信任并了解他的计划。加里波第后来得知，埃德加人制造了一种只对心灵感应者有危险的病毒。据透露，加里波第实际上在第三季结束时被Psi军团绑架，并被贝斯特重新编程，以便在适当的时候向他提供信息。贝斯特发布了加里波第的程序，并允许他记住被绑架后所做的一切。埃德加被杀，他的妻子失踪，但在战争结束后与加里波第团聚。加里波第帮助释放谢里丹，并让他回到解放地球的战役中。巴比伦5号领导的联盟在一场短暂但血腥的战争中将地球从克拉克总统的极权统治中解放出来。这最终导致克拉克自杀并恢复民主政府。Mars被授予完全独立，Sheridan同意辞去他的职务。不结盟世界联盟解散并改革为星际联盟，谢里登当选为其首任主席，并继续指挥游骑兵队，游骑兵队将相当于银河系的联合国维和人员。在本季的大结局中，展示了未来100年、500年、1000年和100万年的事件，描绘了《巴比伦5号》在整个历史上的持久影响。所展示的事件包括2261年内战的政治后果，随后在公元2762年发生的一场涉及新极权主义政府的地球核战争，由此导致的地球落入前工业社会，人类太空旅行知识的丧失和恢复，以及人类最终进化为类似于沃隆人的能源生物，之后地球的太阳变成了新星。