虽然有点血气，但是过着平凡的高中生活的少年兜甲儿回到家里一看，只有一个亲人兜十藏被什么东西袭击，被杀了。与「成为神和成为恶魔都由你决定」的言词一起从祖父的兜十藏继承了的，是多么地上最强的巨大超合金机器人·MagingerZ。夺走祖父生命的是在巴多斯岛的古代超科学中企图称霸世界的Dr.赫尔，其部下阿什拉男爵的阿什拉军团。以打倒魔神Z为目标，不断推出强有力的机械兽。甲儿决定投靠兜博士的弟子弓教授的光子力研究所，与教授的独生女弓沙耶香操纵的Aflodia一起，为了守护地球的和平与Dr.赫尔的机械兽军团持续战斗。