从外宇宙出现的神秘之光正向地球前进。从那个光球飞行物体经过的各行星的前线基地的通信不断地中断，更加光球飞行物体急速接近地球，地球方面用迎击导弹应战也没有效果，悠然自得地降落在地球上的是超大型导弹。之后地球舰队遭到了从地球涌来的大舰队的奇袭攻击，毁灭得无计可施，地球瞬间被压制。暗星团帝国要求大和号出示所在地，超大型导弹是重核子炸弹，威胁说可以破坏地球的中间子质量，让人类的脑细胞一下子灭绝。古代大和号的船员们集结在英雄之丘，接受森雪带来的地球防卫军长官的绝密命令，前往小行星伊卡洛斯。但是森雪在途中受伤，只剩下一个人留在了地球上。完成了从地球决死的逃出的一行到达伊卡洛斯的时候，大和被隐藏在那里。大和的乘务员们发现重核子炸弹的起爆控制是敌母星，为了阻止爆炸，开始了40万光年的航行。