终于，宝太郎和九堂玲奈他们从富良洲高中毕业的日子到来了。怀着在学园生活和炼金学院无可替代的回忆，他们结束了毕业典礼，走向了新的道路……应该是这样的。突然，同样的时间反复流逝，宝太郎他们无法摆脱那个循环。认识到这种状况的，不知为何只有黑钢扳手一个人。发生异常现象的理由到底是什么。操纵着时间的流动的是未知的凯米，还是？不久扳手，然后宝太郎们到达了，惊愕的真相是！？